Dalam rangka mencetak kualitas peserta didik yang tidak hanya cerdas secara akademik, melainkan juga secara ahlak dan ruhani, SMA ANNAJAH menyelenggakan program pembiasaan, yaitu:
- Tadarus
- Shalat Dhuha
- Shalat Dzuhur Berjamaah
- Tasmi’ Alquran
- Tausiyah
- Kajian Kitab
- Membaca Al Munjiyat
- Senam
- Infak dan Santunan
- Literasi
